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biotecnologie:informatica:start

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Informatica per le Biotecnologie

Docente: Nadia Pisanti

News

[3 Luglio 2012] Risultati compito scritto dell'2/7/2012: DE TOMMASO Deborah 28, FULCERI Alessandro 28, MARCHICA Alessandra 24, PRIMERANO Chiara 27. Registrazione voti ed eventuali orali Giovedi 5/7 ore 14,30 presso la stanza del docente (Dip. Informatica).

[11 Giugno 2012] Risultati compito scritto dell'8/6/2012: FULCERI Alessandro 22, MARCHICA Alessandra 18, PRIMERANO Chiara 22. Registrazione voti ed eventuali orali Giovedi 14/4 ore 10 presso la stanza del docente (Dip. Informatica).

[13 Aprile 2012] La registrazione dei voti (ed eventuale orale) per l'appello del 13/4 avra' luogo nella stanza del docente (dip.Informatica) il giorno 16/4 alle ore 14,30. Risultati dello scritto del 13/4: BRUNI Lavinia 30L.

[17 Marzo 2012] La registrazione dei voti (e gi eventuali orali) per l'appello del 15/3 avra' luogo nella stanza del docente (dip.Informatica) il giorno 20/3 alle ore 11 (e non alle 9,30). Risultati dello scritto del 15/3: BRUNI Lavinia 25, FABBRI Federica 22, GENTILUOMO Manuel 25, GURRIERI Salvatore 30, MARCHICA Alessandra Insuff., ?PRIMERANO? Chiara 19, RICCETTI Silvia 30, TOFANELLI Rachele 27.

[15 Marzo 2012] L'appello di Aprile avra' luogo il 13 Aprile (e non il 15 come era erroneamente scritto su BIOMISCRIVO) alle 14,30.

[8 Febbraio 2012] La registrazione dei voti (e gli eventuali orali) per l'appello del 7/2 avra' luogo nella stanza del docente (dip.Informatica) il giorno 14/2 alle ore 10. Risultati dello scritto del 7/2: BASCETTA Lorenzo 26, GRASSI Alessandra 25, MORETTO Erika 30, SAVINO Aurora 30L, SIANO Giacomo 30L, TAVELA Jonathan 30. Gli errori riscontrati riguardano gli shift nel primo esercizio (e di conseguenza i relativi confronti). La lista corretta di shift e': 1,2,3,4,5,6,8,9,10,11,12,16,17,18,22,24,25.

[9 Gennaio 2012] La lezione di Venerdi' 13 alle ore 11 si terra' in aula PS2.

[4 Gennaio 2012] Su richiesta del rappresentante degli studenti, la lezione di Lunedi' 9/1/2012 e' posticipata a Venerdi' 13 alle 11 in un'aula che verra' comunicata al piu' presto.

[14 Ottobre 2011] Si informa/ricorda che il giorno 31 Ottobre il calendario accademico prevede sospensione della didattica.

[3 Ottobre 2011] Abbiamo stabilito che in linea di massima l'orario di ogni lezione sara' il seguente: 9,15-10.45 (senza pausa), per permettere agli studenti pendolari di arrivare in tempo e a tutti di raggiungere un'altra lezione alle 11 presso un altro polo didattico.

Obiettivi di apprendimento

L'obiettivo del corso è di fornire allo studente una panoramica di algoritmi concepiti per lo studio di sequenze genomiche. Verra' prestata attenzione sia agli aspetti teorici e combinatori che a quelli pratici posti dai vari problemi quali il sequenziamento di interi genomi, l'allineamento di sequenze, la ricerca di pattern ripetuti e di lunghe ripetizioni approssimate, il calcolo di distanze genomiche, e altri problemi biologicamente rilevanti per lo studio di sequenze molecolari.

Programma

LA COMPLESSITA' COMPUTAZIONALE Complessita' in tempo e spazio di un algoritmo. Complessita' e trattabilita' di un problema.

ALLINEAMENTI DI SEQUENZE Problema dell'allineamento di sequenze: algoritmo di programmazione dinamica per l'allineamento globale, locale, e semi-globale di coppie di sequenze, e sue possibili ottimizzazioni. Allineamento con 'affine gap penalty function'. Allineamenti multipli.

RICERCA DI PATTERN IN UN DATA BASE Problema della ricerca di un pattern in un data base: possibili soluzioni e analisi comparativa delle loro performance e complessita'. Metodi che fanno preprocessing del pattern: Knuth-Morris-Pratt, Boyer-Moore, Karp-Rabin. Metodi di indicizzazione del data base.

FRAGMENT ASSEMBLY Ricostruzione di sequenze biologiche 'in silico' dopo il sequenziamento: algoritmi e strutture dati per il metodo Sanger e loro limiti. Che cosa cambia con le tecniche di sequenziamento del “New Generation Sequencing”.

Materiale didattico

PER LA PARTE DI COMPLESSITA': parte dei capitoli 1 e 2 del libro “An Introduction to Bioinformatics Algorithms” di Neil C.Jones e Pavel A.Pevzner, MIT Press, 2004.

PER LA PARTE DI ALLINEAMENTI DI SEQUENZE: parte del capitolo di libro allineamenti.pdf

PER LA PARTE DI FRAGMENT ASSEMBLY: parte del capitolo di libro fragmentassembly.pdf

PER LA PARTE DI PATTERN MATCHING: patternmatching1.pdf e patternmatching2.pdf

Registro delle lezioni

biotecnologie/informatica/start.1341303763.txt.gz · Ultima modifica: 03/07/2012 alle 08:22 (12 anni fa) da Nadia Pisanti